گسترش منازعات سیاسی در كشور پس از ریاست جمهوری بنی صدر و در نهایت، رای به عدم كفایت سیاسی وی توسط مجلس شورای اسلامی به عزل وی در اول تیرماه 1360 منجر گردید. ادامه موج خشونت های سیاسی كه چندی قبل از عزل بنی صدر - اولین رئیس جمهور ایران - آغاز شده بود با عزل وی شدت گرفت و محمدعلی رجایی دومین رئیس جمهور منتخب ایران به همراه محمدجواد باهنر نخست وزیرش در 8شهریور 1360 در بمب گذاریِ ساختمان نخست وزیری به شهادت رسیدند. در پی این ترور و تروهای دیگری كه در ماه های پس از عزل بنی صدر به منظور فروپاشی نظام سیاسی جمهوری اسلامی صورت گرفت امام خمینی سریعاً به شورای ریاست جمهوری تكلیف نمود تا هرچه زودتر مقدمات انتخابات سومین دوره ریاست جمهوری را فراهم نماید

مهمترین تحول سومین دوره انتخابات ریاست جمهوری حضور روحانیت در فهرست كاندیداهای انتخابات بود. پیش از این امام خمینی بارها بر عدم حضور روحانیت در مناصب اجرایی تاكید كرده بود. در نظر ایشان هدایت امور اجرایی مستلزم ویژگی هایی بود كه روحانیت از آن سررشته ای نداشت. تلاش های جامعه مدرسین حوزه علمیه قم و شخصیت های نظام نیز برای جلب رضایت ایشان موثر واقع نشد اما در آستانه انتخابات سومین دوره ریاست جمهوری ایشان با تجدید نظر در این دیدگاه رویه جدیدی در ساختار حكومت بنا نهادند. بدین ترتیب پس از ناتوانی گروه به اصطلاح روشنفكر كه نتوانست هدایت جامعه آرمانگرا و انقلابی ایران را به نحو مطلوب انجام دهد و تخطی از اهداف مكتبی و ناآَشنایی با مبانی دینی و تعارض این جریان ها با رهبری انقلاب در شرایط جنگی آن زمان یگر فرصت هیچ گونه خطر پذیری وجود نداشت. لذا امام درصدد برآمد تا در نظر خود بازنگری نماید.

جامعه مدرسین حوزه علمیه و حزب جمهوری اسلامی به دنبال این بودند که موافقت امام را برای حضور روحانیون در انتخابات جلب کنند. به همین منظورآقایان خامنه ای ، هاشمی رفسنجانی و خزعلی خدمت امام می رسند. در این جلسه امام موافقت خود را با برداشتن قید روحانی نبودن اعلام می دارند؛ البته ایشان تصریح می كنند كه از روی اضطرار و مصلحت این كار را انجام می دهند. امام در این دوره به دلیل حوادث و فضاسازی های انجام شده بیش از پیش بر حضور حداكثری مردم و بالا بردن آرا تاكید داشتند و این در حالی بود كه نامزدهای غیر روحانی آنگونه كه باید مقبول و دارای رای نبودند.

امام خمینی(ره) در 31 خرداد 1361 علل تجدید نظر در مورد روحانی بودن رئیس جمهور را چنین بازگو نمودند: «... من از اول كه در این مسائل بودیم و كم كم آثار پیروزی داشت پیدا می شد در مصاحبه هایی كه كردم ... این كلمه را گفته ام كه روحانیون شغلشان یك شغل بالاتر از این مسائل اجرایی است و چنانچه اسلام پیروز بشود روحانیون می روند سراغ شغل های خودشان؛ لكن وقتی كه ما آمدیم و وارد معركه شدیم دیدیم كه اگر روحانیون را بگوییم همه بروید سراغ مسجدتان این كشور به حلقوم امریكا یا شوروی می رود. ما تجربه كردیم و دیدیم كه اشخاصی كه در رأس واقع شدند و از روحانیون نبودند در عین حالی كه بعضیشان هم متدین بودند از باب این كه آن راهـی كه ما می خواسـتیم برویم و آن راهی كه مسـتقل باشیم و با نان و جو خودمان بسازیم و زیر فرمان قدرت های بزرگ نباشیم آن راه با سلیقه آنها موافق نبود و لهذا... ما تن دادیم به این كه رئیس جمهورمان از علما باشد... ما هر روزی فهمیدیم كه این كلمه ای كه امروز گفتیم اشتباه بوده و قاعده اش این است كه یك جور دیگر عمل بكنیم اعلام می كنیم كه آقا این را ما اشتباه كردیم باید این جوری بكنیم. ما دنبال مصالح اسلام هستیم نه دنبال ... ادامه مطلب