بيان اينكه "جريانى خاص و گسترده و طيفى معلوم و مشخص، تغيير دولت را حمايت و همراهى مى‌كنند" تهديد كردند كه "چون دولت جديد تجربه و تلاش و امكانات فراوان‌ترى ندارد و از داشتن اكثريتى قاطع در مجلس و بين مردم برخوردار نيست، به موفقيت‌هاى لازم دست نخواهد يافت و در نتيجه كشور دچار بحران مى شود."

امام خميني در 5 مهرماه 1364 در پاسخ به اين نامه فرمودند: «با تشكر از حضرات آقايان، اينجانب چون خود را موظف به اظهار نظر مى‌دانم، به آقايانى كه نظر خواسته‌اند، از آن جمله جناب حجت‌الاسلام آقاى مهدوى(کنی) و بعضى آقايان ديگر، عرض كردم آقاى مهندس موسوى را شخص متدين و متعهد، و در وضع بسيار پيچيده كشور، دولت ايشان را موفق مى‌دانم، و در حال حاضر، تغيير آن را صلاح نمى‌دانم. ولى حق انتخاب با جناب آقاى رئيس‌جمهور و مجلس شوراى اسلامى محترم است.»

ناطق نوري در خصوص معرفي دوباره موسوی مي‌گويد: «چند روزي كه گذشت، نظر امام عوض شد. علتش اين بود كه گويا آقاي "محسن رضايي" به عنوان فرمانده سپاه خدمت امام رسيده و گفته بود كه موقعيت آقاي موسوي در جنگ و بين جوان‌ها به‌گونه‌اي است كه اگر ايشان نخست‌وزير نشوند، جنگ لطمه مي‌خورد. طبيعي است كه براي امام در آن روزها هيچ چيز حياتي‌تر از مسئله‌ي جنگ نبود، لذا بعد از گزارش محسن رضايي، لحن امام عوض شد... كم‌كم به حاج احمد آقا و ديگران فرمودند كه آقاي مهندس موسوي معرفي شود. مقام معظم رهبري در مقام رييس‌جمهوري در يك محذوريت عجيبي قرار گرفته بودند. از يك طرف احساس مي‌كرد از نظر شرعي و وظيفه به مصلحت كشور نيست مهندس موسوي را معرفي كند و از طرف ديگر نظر امام آقاي موسوي بود. بنابراين براي حضرت امام نامه‌اي نوشتند كه "اگر حضرت عالي تشخيص مي‌دهيد كه بايد مهندس موسوي را معرفي كنم، حكم كنيد، شما رهبر هستيد. شما روز قيامت جواب داريد، ولي من جواب ندارم كسي را كه مصلحت نمي‌دانم، نخست وزير كنم، مگر اين كه حكم ولي فقيه بالاي سر او باشد. حضرت عالي حكم كنيد تا من ايشان را بگذارم"، امام هم مي‌فرمودند: "من حكم نمي‌كنم. من حرف خودم را مي‌زنم" بن بست عجيبي پيش آمده بود.»

حجت‌الاسلام هاشمي رفسنجاني نيز در خاطرات خود در اين خصوص مي‌نويسد: «آيت‌الله خامنه‌اي تمايلي به نامزد شدن مجدد نداشتند و با اصرار ماها و نيز خواست امام پذيرفتند و همان موقع نظرشان را راجع به كابينه گفته‌اند و اكنون حجت دارند، ولي نمي‌خواهند از نظر امام تخلف كنند... نظر آقاي خامنه‌اي اين است كه اينها خوب كار نكرده‌اند و جايز نيست دوباره مأمور تشكيل كابينه شوند. زمان طولاني بحث كرديم، ولي به نتيجه نرسيديم. مشكل عمده ايشان، اظهارنظر امام است...»

وي ذيل تاريخ 25 شهريور نيز از مراجعه بهزاد نبوي و محسن نوربخش به او و اظهار نگراني آنها از احتمال تعويض دولت ياد کرده و مي‌نويسد: «از من خواستند دخالت كنم و مانع شوم.»

حجت‌الاسلام ناطق نوري در ادامه خاطراتش با بيان اينكه به اتفاق حضرات آيات مهدوي كني، جنتي و يزدي براي گشودن گره از اين مشكل به خدمت امام رسيدیم، می‌افزاید: امام(ره) در پاسخ به ضرورت حكم كردن ايشان مي‌فرمايند: «من حكم نمي‌كنم، اما من به عنوان يك شهروند حق دارم نظر خودم را بدهم يا خير؟ من به عنوان يك شهروند، اعلام مي‌كنم كه انتخاب غير از ايشان خیانت به اسلام است.»

وي در ادامه مي‌گويد: «اين جمله را كه ايشان فرمودند، همه چيز روشن شد و واقعاً معلوم شد كه موضوع چقدر عمق دارد. پس از اين كه فهميديم نظر قطعي امام، مهندس موسوي است، در محل دفتر رياست جمهوري خدمت آقاي خامنه‌اي رفتيم و ماجرا را خدمت ايشان شرح داده و گفتيم اين ديگر حكم است. امام فقط لفظ حكم را نگفتند. امام تا آخر ايستاده است. اين كه ايشان مي‌فرمايند جز موسوي خيانت به اسلام است، حكم است. آقاي خامنه‌اي فرمودند براي من اتمام حجت شد؛ لذا تصميم گرفتند و مهندس موسوي را براي نخست‌وزيري مجدد معرفي كردند.»

نمايندگان مجلس شوراي اسلامي در جلسه‌ی علني ۱۷۹ مورخ 21/7/ ۱۳۶۴ با ۱۶۲ رأي موافق از ۲۶۲نفر عده‌ی حاضر در جلسه، به نخست‌وزيري مجدد مهندس ميرحسين موسوي رأي اعتماد دادند. ۷۳ نفر نيز رأي مخالف و ۲۶ نفر هم رأي ممتنع (كه درحقيقت مخالف محسوب مي‌شد) دادند که اين ماجرا خود سرآغاز بحث‌هاي مفصل بعدي گرديد.

اين رخداد حاصل فضايي جديد در عرصه سياسي بود كه به تازگي و با انتشار روزنامه رسالت علني‌تر شده بود. روزنامه‌اي كه با فاصله‌اي اندك از انتخابات رياست جمهوري چهارم منتشر شد. آيت‌الله احمد آذري قمي که مديرمسئولي اين نشريه را برعهده داشت از اعضاي مؤسس و دبير جامعه مدرسين حوزه علمیه قم بود. آيت‌الله آذري قمي براي انتشار روزنامه خود از افرادي چون حبيب‌الله عسگراولادي، پرورش، احمد توكلي و مرتضي نبوي بهره گرفت كه همگي از منتقدين سفت‌وسخت نخست‌وزير بودند.

به اين ترتيب، دولت چهارم با فراز و نشيبي كه بر سر معرفي نخست‌وزير رخ داد، سرانجام به مرحله معرفي كابينه رسيد. آنچنان كه روزنامه رسالت در تاريخ 2 آبان 1364 به نقل از منابع غيررسمي اعلام كرد كه 12 وزير از ميان 24 وزير پيشنهادي نخست‌وزير توسط رييس جمهور پذيرفته نشده است. سرانجام کابینه با تغيير اساسي تشكيل شد، به نحوي كه تنها 6 وزير ثابت مانده بود.

کابینه دوم موسوی در حالی شکل گرفت که جنگ شرایط خاصی را پشت سر می‎گذاشت. زمان جنگ به درازا کشیده شده بود، از عملیات‎های حماسی بزرگ غرورآفرین دیگر خبری نبود، کنترل شدید اقتصادی و دولتی شدن همه امور، نارضایتی‎هایی را در بخش خصوصی و به‎خصوص بازار پدید آورده بود، روابط خارجی جمهوری اسلامی با دشواری جدیدی مواجه شده بود و این مسأله نوعی ابتکار عمل خاص را طلب می‎کرد، که از مختصات آن؛ پرهیز از رفتارهای اختلافی و تأکید بر وحدت، به میدان آوردن ظرفیت‎های داخلی برای مقابله با محاصره اقتصادی کشور، نشان دادن عزم ملی برای ادامه جنگ و ناکام گذاشتن طرح‎های ضد جنگ دشمن، پشتیبانی جدی‎تر از رزمندگان اسلام و تجدیدنظر در بعضی از سیاست‎های اقتصادی و استعانت از نیروی کار بود اما رفتار دولت موسوی در دوره دوم شرایط کشور را سخت‎تر کرد. ...  ادامه مطلب