در ششمین دوره انتخابات ریاست جمهوری، هاشمي رفسنجانی از يك سو مورد نقد جناح چپ بود كه وي را عامل شكست و حذف خود در انتخابات مجلس چهارم مي‌دانستند و از سوي ديگر، مورد انتقاد جناح راست، به‌دلیل استفاده از افرادی در کابینه خود مانند خاتمي بود. در همين دوره بود كه سرانجام خاتمي از وزارت ارشاد استعفا داد و علي لاريجاني جاي او را گرفت. با همه اين احوالات، انتخابات سال 1372 در شرايط نسبتاً آرامي برگزار شد. التهاب سال‌هاي اول انقلاب و ناامني دوران جنگ پشت سرگذاشته شده بود و انفعال جناح چپ و انزواطلبي آن‌ها، شرايط را براي در دست گرفتن مجدد رياست دولت توسط هاشمي مهيا مي‌ساخت. اما در چنين شرايطي، 3 نامزد براي گرمي بخشيدن به فضاي انتخابات پا به عرصه گذاشتند. رقابت دكتر عبدالله جاسبي که رييس دانشگاه آزاد که عملاً توسط هاشمی رفسنجانی منصوب شده بود و همینطور مهندس رجبعلي طاهري که استاندار وقت تهران در دولت اول آقای هاشمي بود بيشتر به تأييد سياست‌هاي هاشمي شباهت داشت و تنها دكتر احمد توكلي بود كه او را به چالش مي‌كشيد. توكلي در نطق‌هاي انتخاباتي‌اش با تمركز بر بي‌عدالتي اقتصادي و اجتماعي، ناكارآمدي سياست‌ها و مديريت‌ها، امتيازطلبي وتجمل‌گرايي كارگزاران، و كم‌اعتنايي آنان به مشاركت سياسي مردم، سياست‌هاي ايدئولوژي‌زدایی و رفاه طلبي، فهرست بلندي از سوء تدبيرها و سوء رفتارهاي دولت پنجم را به چالش كشيد و موفق شد رأي 4 ميليون ایرانی را جلب كند. اين موضوع بي سابقه‌اي در تاريخ انتخابات‌هاي رياست جمهوري بود، چون هميشه جز كسي كه از ابتدا رياست جمهوريش پيش‌بيني پذير بود، ديگران هرگز رأي قابل توجهي نمي‌آوردند.در اين مقطع، مواضع توكلي مورد توجه جناح چپ واقع شد. روزنامه سلام به نمايندگي از اين تفكر، به پوشش خبری مناسبی از انتقادات توكلي نسبت به عملكرد دولت پنجم مي‌پرداخت، اما هيچگاه از او حمايت رسمي نكرد.در مقابل، روزنامه رسالت كه توكلي خود روزي سردبير و از بنيانگذاران آن بود، به حمايت تمام قد از هاشمي پرداخت و اخبار توكلي را بسيار كمرنگ‌تر پوشش مي‌داد.

در اين دوره نيز حمايت اغلب تشكل‌هاي جناح راست متوجه هاشمي شد. جامعه روحانيت كه همچنان هاشمي را به عنوان عضو شوراي مركزي خود مي‌شناخت و هنوز اختلاف نظر چنداني با ديگر اعضا نداشت، مورد حمايت اين تشكل قرار گرفت. جامعه مدرسين نيز در اعلاميه‌اي كه برخلاف موارد مشابه كه امضاي آيت‌الله مشكيني را در ذيل خود داشت، به امضاي آيت‌الله فاضل اعلام کرد: با احترام به تمام نامزدها، هاشمي را ارجح مي‌داند اما در اين اعلاميه نكاتي كه به شروط جامعه مدرسین شباهت داشت نيز اشاره شده بود: «اولاً كابينه‌ خود را از كساني‌ تشكيل‌ دهند كه‌ به‌ مباني‌ اسلام‌ و اصول‌ اسلام‌ و اصول‌ انقلاب‌ و ولايت‌ فقيه‌ و روحانيت‌ و مرجعيت‌ و ايستادگي‌ در برابر جهانخواران‌، مخصوصاً امریکا، مؤمن‌ باشند و در عين‌ تخصص‌ و تدين‌ در كنار مردم‌ قرار گرفته‌ و به‌ خدمت‌ به‌ مردم‌ افتخار كنند و خود را از اين‌ نظر كاملاً متعهد بدانند. ثانياً در كابينه‌ آينده‌ با فراخواني‌ تمام‌ استعدادهاي‌ كشور، برنامه‌هاي‌ آينده‌ را چنان‌ تنظيم‌ كنند كه‌ بارهاي‌ سنگين‌ را از دوش‌ قشر مستضعف‌ و زحمتكش‌ كه‌ ستون‌هاي‌ اصلي‌ انقلابند، بردارند و مشكلات‌ اقتصادي‌ آنان‌ را هر چه‌ سريعتر برطرف‌ نمايند و از هر گونه‌ فساد اداري،‌ به‌ويژه‌ رشوه‌‌خواري‌ جلوگيري‌ نمايند. ثالثاً براي‌ اسلامي ‌كردن‌ هر چه‌ بيشتر وسايل‌ ارتباط‌ جمعي‌ و كل‌ جامعه ايران‌ و نيز جهت‌ تهاجم‌ قوي‌ و نيرومند در برابر شبيخون‌ فرهنگي‌ دشمن‌ و اشاعه‌ فحشا و منكر و ترويج‌ فساد به‌ صورت‌هاي‌ گوناگون،‌ ارزش‌ ويژه‌ قائل‌ باشند و از هرگونه‌ اسراف‌ و تجمل‌گرايي‌ بپرهيزند.»حبیب‌الله عسگراولادي دبيركل جمعيت مؤتلفه اسلامي نيز اعلام كرد حزب متبوعش از كانديداي جامعه روحانيت مبارز و جامعه مدرسين حوزه علميه قم حمايت مي‌كند كه شايد بتوان آنرا به معني تبعيت از شروط جامعه مدرسين دانست.