نيز به آيت‌الله خامنه‌اي اعلام می‌کند. اما در مقابل  آيت‌الله خامنه‌اي نامزد مورد اتفاق‌نظر تشكل‌هاي عمده‌اي همچون جامعه مدرسين حوزه علميه قم، جامعه روحانيت مبارز، حزب جمهوري اسلامي، دفتر تحكيم وحدت و... بود.

سرانجام در حالي كه خبري از آن احساس خطر و ضرورت شركت در انتخابات‌هاي پيشين در ميان مردم نبود، در روز 25 مرداد 1364 انتخابات دوره چهارم رياست جمهوري برگزار گرديد. واجدين شرايط در اين سال نزديك به 26 ميليون نفر بودند كه نزديك به 14 ميليون نفر آنها در انتخابات شركت كردند. آيت‌الله خامنه‌اي (مد ظله العالي) در رقابت با 2 نامزد ديگر، با بيش از 12 ميليون رأي، حدود 86 درصد آراي شركت‌كنندگان را به‌دست آوردند.

ايشان در دوره اول رياست جمهوري خود نيز در رقابت با 3 نامزد ديگر، نزديك به 16 ميليون رأي؛ 95 درصد آراي شركت كنندگان و 70 درصد آراي كل واجدين شرايط (اعم از شركت كنندگان و غايبان در انتخابات) را به‌دست آورده و آمار بالاترين رأي مردم در انتخابات‌هاي رياست جمهوري را به خود اختصاص داده بودند.

روز 14 شهريور در خجسته سالروز عيد سعيد غديرخم، امام(ره) حكم رياست جمهوري آیت‌الله خامنه‌اي را تنفيذ كرده و فرمودند: «بحمدالله تعالي با تاييدات خداوند متعال و دعاي خير حضرت ولي‌الله الاعظم روحي لمقدمه الفدا، 4 سال رياست جمهوري با خير و سلامت و قدرت و عظمت سپري شد. اينك به پيروي از آراي محترم ملت عظيم‌الشأن و آشنايي به مقام تعهد و خدمتگزاري دانشمند محترم، جناب حجت‌الاسلام آقاي سيد علي خامنه‌‌اي، آراي ملت را پس از پايان دوره كنوني تنفيذ و ايشان را به سمت رياست جمهوري ايران منصوب مي‌نمايم و از خداوند متعال توفيق ايشان را در خدمت به اسلام و ملت و كشور اسلامي خواستارم.»

در مراسم تنفیذ كه در حسينيه جماران برگزار شد، امام(ره) در سخناني فرمودند: «به فال نيك مى‏گيرم كه در يك همچو روز بزرگى، مسئله تنفيذ صورت گرفت. بايد عرض كنم كه مصادفت با اين يوم، مسئوليت‌هاى بزرگى در پيش دارد. حكومت، حكومت حضرت امير-سلام اللَّه عليه- و وضع حكومت او را ما در نظر بگيريم، و كسانى كه در حكومت هستند و در دستگاه‌هاى دولتى هستند، سيره آن بزرگوار را در نظر بگيرند و ببينند كه بايد چه بكنند... عدالت را اجرا كنيد...»

روز 18 مهر ماه 64، مراسم تحليف رياست جمهوري برگزار شد. آيت‌الله خامنه‌اي هنگام مراسم تحليف در حضور نمايندگان مجلس اظهار داشتند: «قانون اساسي ابزارهاي لازم براي عمل به اين سوگند را مشخص كرده است. در صورتي كه رئيس‌جمهور اين ابزارها را در اختيار داشته باشد، خواهد توانست به اين سوگند عمل كند وگرنه اين سوگند، حكم فقهي‌اش براي فقها روشن است.»

دو اصل ياد شده، ناظر به معرفي نخست‌وزير از سوي رئيس‌جمهور و تصويب وزراي پيشنهادي نخست‌وزير بود.

اما معرفي نخست‌وزير بيش از يك ماه ونيم به‌طول انجاميد. گويا پس از اختلاف‌نظرهاي رييس‌جمهور و نخست‌وزير در دولت سوم و كناره‌گيري وزراي داراي افكار نزديك‌تر به رئیس‌جمهور، شرط ايشان براي نامزدي مجدد اين بوده است كه نخست‌وزير را خود انتخاب نمايند. ناطق نوري در خاطرات خود از آن روزها مي‌گويد: «وقتي براي بار دوم مقام معظم رهبري به رياست جمهوري برگزيده شدند، بين ايشان و امام يك بحثي در مورد انتخاب نخست‌وزير بود، ايشان مي‌گفت اگر من رييس‌جمهور بشوم، در انتخاب نخست وزير هر كسي را كه بخواهم، خودم بايد تصميم بگيرم و اين علامت را هم امام ظاهراً داده بودند كه خود شما تصميم بگير، لذا ايشان كانديدا شدند.»

آیت الله خامنه ای در تبلیغات انتخاباتی خود پس از طرح مهمترین اقدامات خود در دوره چهارساله ریاست جمهوری، سیاست‌ها و دیدگاههای اقتصادی دولت را در طول چهار سال گذشته زیر سوال برده بودند و فرموده بودند که :«... سیاست‌های اقتصادی باید صددرصد در جهت خدمت به محرومان و فقرزدایی باشد؛ دولت باید در زمینه كاهش فقر سیاستگذاری كند و البته این به این معنا نیست كه ما بیاییم همه چیز را دولتی كنیم. اگر كسی خیال كرده دولت برای رفع تبعیض، فقر و محرومیت ناگزیر است كه امور اقتصادی را خود در دست بگیرد، اشتباه كرده است. تجربه چهار سال گذشته، نشان داده است در هر كاری كه مسئولیت آن صددرصد دولتی بوده ضرر كرده‌ایم؛ در زمینه واردات و بازرگانی و صنایع، دخالت دولت باعث ضرر شده است؛ زیرا نیروی كارآمد مردم و سرمایه مردم را از دست داده‌ایم و پرسنل دولت زیاد شده است و سلایق و انگیزه‌های شخصی را كه عامل افزایش ثروت است، از بین برده‌ایم. راه مستقیم، بینابین است: اقتصادی مردمی با نظارت دولت.»
پس از برگزاری انتخابات ریاست جمهوری، آقای میرحسین موسوی نیز به انتقادات وارد شده به سیاستهای اقتصادی دولت از سوی كاندیداها پاسخ داد. به این ترتیب اختلاف نظر بین رئیس جمهور منتخب و نخست وزیر علنی شده و از تصمیم و اراده مصمم چهارمین رئیس جمهور برای ایجاد تغییراتی وسیع در نخست وزیری در اعضای دولت، جهت تغییر سیاستهای كلان اقتصادی خبر می‌داد و نیز وجود اكثریت نمایندگان متمایل به جناح راست در مجلس ـ كه از تفكر اقتصادی بازار آزاد حمایت می‌كرد ـ گمانه زنی فوق جهت تغییر نخست وزیر را تقویت می‌كرد.

پس از انتخابات، ايشان به مشهد رفته و سخناني ايراد فرمودند كه حاكي از تمايل به تغيير نخست‌وزير بود. از سخنراني ايشان در مراسم تنفيذ حكم رياست جمهوري در جماران نيز اين موضوع استنباط مي‌شد.